O Conselho de Faculdade é composto por quinze membros, designados nos seguintes termos:
Presidente
Dr. António José Teixeira
Individualidade Externa
Dra. Conceição Zagalo
Representantes eleitos entre os professores e investigadores de carreira
Professor Doutor Miguel Pedro Pires Cardoso de Seabra
Professor Doutor Rui Manuel Fraga Martins Maio
Professora Doutora Ana Maria Félix de Campos Pinto
Profª Doutora Maria Alexandre Bettencourt Pires
Prof. Doutor Paulo Jorge Valejo Coelho
Prof. Doutor Carlos Manuel Nunes Filipe
Prof. Doutor Miguel José de Carvalho Viana Baptista
Profª Doutora Maria Paula Borges de Lemos Macedo
Representante dos outros docentes e Investigadores em regime de tempo integral
Doutor Hugo Miguel Vicente Miranda
Representantes em regime de integração funcional nos termos da legislação que rege a articulação entre as escolas médicas e os estabelecimentos de saúde onde é ministrado o ensino médico, com contrato de duração não inferior a um ano, que sejam titulares do grau de doutor, qualquer que seja a natureza do seu vínculo à NMS
Professor Doutor Pedro Manuel Sarmento Rodrigues Póvoa
Profª Doutora Maria de Fátima Carvalho Serrano
Representante dos Estudantes
Estela Alexandra Real Lage
Representante de um trabalhador com vínculo à NMS com antiguidade igual ou superior a três anos, não docente e não investigador
Dr.ª Ana Sofia Potes Fernandes Angeja