A missão do Biotério de moscas é suportar toda a investigação realizada na NMS Research usando Drosophila como modelo animal. O Biotério de Moscas facilita as boas práticas cientificas, o bem-estar dos animais e dos seus utilizadores promovendo investigação cientifica de alta qualidade.
O Biotério de Moscas apoia a investigação formando novos utilizadores, dando apoio técnico a projetos científicos, fazendo a gestão de equipamentos e materiais do biotério.
O Biotério de Moscas tem também como objetivo estimular a interação cientifica entre grupos de investigação da NMS Research e de outras instituições, bem como promover e divulgar a investigação feita em mosca ao publico em geral.