A oferta de formação pós-graduada da NOVA Medical School é ampla e diversificada ao nível dos cursos de Mestrado - alguns deles em língua inglesa e em colaboração com organizações e universidades estrangeiras - e tem como objetivo potenciar o conhecimento e formar profissionais com competências para desenvolver de forma autónoma projetos de investigação científica nos domínios académico e de investigação, bem como na prática clínica e em ambiente empresarial.